2004/2005年度 2004年建立化肥商业淡储制度。2004年12月，政府对第一批605万吨淡储指标实施了公开招标，近40家企业中标。2005年2月，政府又对第二批 195万吨淡储指标实施了公开招标，共有8家企业中标。储肥品种以尿素、磷铵等高浓度肥为主。
2005/2006年度 国家发改委、财政部通过招标方式，分两批确定了42家承储企业，淡储规模为800万吨。淡储以尿素为主，占70%以上。各省也陆续实施省级化肥储备制度，储备规模超过300万吨。
2006/2007年度 2006年10月份，国家发改委和财政部组织的2006/2007年度化肥淡储工作正式启动。淡储总量仍为800万吨，淡储期限从2006年10月到 2007年的3月。淡储仍以尿素为主，占70%以上，个别地区承储企业可以根据当地用肥需求，并在报淡储委托单位备案批准后，适当调低尿素所占比例，但不得低于淡储化肥总量的50%。
2007/2008年度 2007/2008年度初次招标时，化肥淡储总规模仍保持800万吨，淡储期限半年，总计27个淡储区域。业绩良好、有过淡储经验的企业在此次评标过程中优势比较明显。2008年1月，国家对2007/2008年度化肥淡季商业储备新增200万吨，这次新增的量在化肥品种上有所要求，要求磷酸二铵、磷复肥等品种应占一半以上。
2008/2009年度 第一次淡储招标规模为1100万吨，比上年度增加了300万吨。其中，1000万吨淡储指标优先给予近两年淡储工作搞得较好的40余家化肥流通与生产企业，另100万吨通过企业申请、专家评审的招标方式确定承储企业。后来又增加磷肥专项淡储100万吨，总额达到1200万吨，磷肥专项招标另行进行。后经国务院批准，在2009年1月份时，淡储量增加400万吨达到1600万吨。
2009/2010年度 共有70多家企业参与化肥商业淡储，加上磷肥专项淡储100万吨，本年度淡储总量为1600万吨，与上年持平，其中尿素800万吨，另有几家企业参与了钾肥淡储。
2010/2011年度 化肥淡储总量1600万吨，其中70万吨磷肥专项单独招标，其余的1530万吨淡储量共有72家企业中标。其中生产企业32家，生产企业和流通企业联合中标12家，中标量占总量1/3左右。本次淡储补贴时间增加了1个月，延长至7个月，中央财政增加补贴金1.5亿元。
2011/2012年度 化肥淡储总量仍维持1600万吨不变，其中505万吨需重新进行招标，其余自然延期。化肥淡储补贴时间恢复至6个月，恢复到了正常状态。鼓励流通企业和生产企业组成联合体共同承担淡储任务。2011年9月21日，国家发改委发布《2011/2012年化肥淡储资格招标有关问题解释》，这是首次对化肥淡储招标问题进行专门解释。
