近年来，我国生物肥料专利增加较快，个别生物肥料企业已经或即将进入其他国家市场。
据统计，截至2011年8月，获得农业部正式登记的微生物肥料品种有621种，临时登记的品种有648种。现有生物肥料企业500余家，年产量450万吨、应用面积666.7万公顷、产值80亿元，在生产中发挥了较大作用。
但是由于我国人口基数大，当前农业追求单位面积产量，过度使用化肥，化肥利用率呈逐年下降趋势。其中我国氮肥平均施用量将近是美国的3倍，化肥的过度施用造成了土壤结构破坏、自然界生物多样性和生态系统稳定性降低、江河湖泊的富营养化、农产品质量下降等一系列较为严重的问题。
同时，我国生物肥料的研究开发模式仍较为传统，以大学、科研单位作为创新主体完成的技术与产品研发无法快速、有效地转化为企业的产品；我国现有的生物肥料生产企业多数规模较小，设备工艺不足，还没有成为生物肥料的创新主体。
国家虽然在生物肥料方面实行登记管理制度，但管理力度和有关政策有待完善；生物肥料的宣传、生产和销售还没有很好地结合在一起，农业经营者在生物肥料上的认识还不够，其销售比例在全国肥料中比重偏低。
