近年来化肥行业发展迅猛，“产能过剩”逐渐取代“供不应求”，成为化肥市场的主调。从而与当初国家制定优惠政策的出发点相背离。不过由于化肥牵动粮食的特殊性，为充分发挥市场配置资源的基础性作用，保护农民利益，保障国家粮食安全，经国务院批准，决定推进化肥价格改革，建立以市场为主导的化肥价格形成机制。在此政策取向下，国家有关部门对化肥产业优惠政策的调整，提出了分三步走的方案：第一步结合铁路货运价格和天然气价格的调整，最终实现计划内、计划外天然气价格并轨；第二步取消优惠电价，取消铁路优惠运价；第三步取消增值税优惠。
2014年年底至2015年年初短短两个月，三政策两集中落地，加速了化肥市场化进程。
增值税方面：2014年7月23日，有关恢复化肥增值税的征求意见会在京召开，2014年11月上旬磷复会议在宁波顺利召开，虽未公布增值税事宜，但业内普遍认为，恢复征收乃是迟早的事。目前已陆续有企业将该项成本考虑进定价机制内，预计后期政策出台对市场影响收窄。
铁路运输方面：2015年1月29日，国家发展改革委下发了《关于调整铁路货运价格，进一步完善价格形成机制的通知》，首次取消了化肥优惠运价，其中磷矿石整车运输调整为执行2号运价，农用化肥调整为执行4号运价，另外也首次明确农用化肥跨局铁路运价可以下浮。有市场人士表示此次化肥基准运价上调并允许下浮后，全国各铁路营业站对化肥的运价涨幅不一，部分线路还有下降。这也充分显示出了化肥运输方面的市场化。
出口关税政策：2015年化肥出口关税政策再度松动，最大的亮点是取消了化肥出口淡旺季的划分，全年采用统一的税额或税率，其中尿素全年出口关税80元/吨，磷酸一铵、磷酸二铵全年出口关税100元/吨，氮磷二元肥全年出口关税税率5%，氯化钾、硫酸钾出口关税维持600元/吨，三元复合肥出口关税维持30%的税率。关税的松动有利于缓解国内过剩产能，提高产品的国际竞争力。
化肥行业优惠政策为保证国内化肥供应、服务中国农业所作的贡献不容置疑，但是综合考虑能源战略、环境保护、节能减排和农业可持续发展，重新定位化肥的产品属性意义重大。目前，随着化肥行业优惠政策的调整，加快了化肥产业市场化的改革。预计后期随着市场手作用的发挥，淘汰落后产能、净化行业队伍、振兴产业，逐步促进整个行业的健康发展。
