近年来我国化肥关税政策变化较大，大体经历了出口退增值税—取消出口退税—加征出口关税—加征特别出口关税—2008年国际金融危机后出口政策逐步放松—2014年旺季关税大幅下调的过程。总的来看，我国化肥关税政策综合考虑了国内化肥市场供给、化肥优惠政策、能源价格、国际市场价格、企业经营状况等多种因素，呈现以下四方面特点。
把保障国内供给放在第一位。我国对化肥行业的定位非常明确，不是把它定位于出口型行业，而主要是保障国内供给，为农业生产服务。只有在保障了国内供给，同时又不会对国内市场产生大影响的条件下，化肥才可适量出口。2004年以前，我国对化肥出口采取鼓励政策，那时出口还能享受退增值税的优惠，但2004年以后相当长一段时间，我国一直是采取高关税限制出口。强力关税政策的出台，对抑制化肥大量出口，稳定国内市场化肥供应量，保障农民能买得到化肥，起到了重要作用。
堵疏结合，实行淡旺季不同关税。2007年，我国化肥出口开征季节性关税，不同季节执行不同税率。2008年11月14日出台的关税方案中，明确提出了淡旺季概念，这是我国化肥关税史上的一次重大变化。国内用肥旺季时，用高关税限制出口，保障国内供给；淡季时，可降低关税允许出口。这既考虑了农民利益，也考虑了企业利益，同时考虑了近年来我国化肥产量大幅增加、国内供给能力增加的现状，是一种堵疏结合、调节自如的好形式。
相对稳定性，一年一定。2008年一年之内，化肥关税政策出现了四次大调整，令企业无所适从。2009年以后，政策强调相对稳定性，取消了“暂定”，基本上是一年一定，在前一年的11月、12月份，出台第二年的化肥关税政策，让企业心中有数、便于操作。
与国内外市场基本相适应。近些年化肥关税的一个典型特点，就是与时俱进，与国内外市场特点基本相适应。当国际市场需求量大幅增加，引发国内化肥大量出口时，采用高关税政策，以抑制出口，减少国际市场对国内市场的冲击。当国际市场景气度不高，需求平淡时，出口政策相对较为宽松。例如，2008年下半年国际金融危机后，化肥出口政策明显宽松了许多。
