建国以来化肥流通市场的收与放的过程，也就是对化肥市场流通权力把握的“集权”与“分权”过程，从整个形成过程来看，两个过程均存在利与弊的矛盾。
“集权”的利与弊
所谓的“集权”，是指以国家行政手段赋予行政机关以外的国家有关企业，以其高度的计划垄断来运作化肥的流通全过程。不难看出，“集权”是计划经济的衍生品。不可否认，像化肥这一特殊商品，以“集权”手段为主基调的计划时代，对稳定市场和市场有效配置以及增加农业生产乃至对整个国家经济的稳定都发挥了不可替代的作用，这一时期保留下来的化肥流通渠道（现在称为网络）仍然对市场经济下化肥流通产生较大的影响和作用。
这种“集权”首先是将化肥商品进行了区别于其他一般商品的战略定位。其次，“集权”对化肥资源进行了全国“棋局”的有效布置，这充分体现在全国化肥的调配功能上。三是形成了国家控制下的化肥价格体系，真正保障了农民利益实实在在的拥有，严格的价格控制和贯穿于整个化肥流通过程中的价格监督，有效地保护了农民的切身利益。
“分权”带来的创新和困扰
2003年7月，三年化肥市场彻底放开后，形成了我们称之为“分权”时代。随着十几年化肥市场的重新建立和组合，我们可以看到“分权”模式下的利与弊：首先打破了“集权”时代的市场平衡，各种竞争机制下的市场配置应运而生，这一配制的形成反作用于生产企业，使生产企业在十多年的时间里不断催化企业的管理升级和产品升级；从而增加了市场供给，使我国的化肥产品结构和生产能力均有惊人的发展。到目前为止，我国的化肥生产量不仅能满足内需，而且有大量的成品肥出口。二是理顺了政府与企业的关系，杜绝以行政行为代替企业行为、违背市场规律的现象。三是“分权”机制的形成也同时带来业内的竞争，这种不断的竞争形成了市场的良性发展，促使从业者不断改善自我、发展自我。四是可供农民自主选择服务对象和使用的化肥空间更大。
当然，和其他事物一样，“分权”模式的化肥流通机制形成以来，也带来了诸多问题和困惑。首先，化肥产能的过度扩张给市场和农民带来的不是福音，更多的是农民对起伏不定的市场有一种茫然。二是无序的企业竞争带来了化肥基本原料能源的大量浪费，在化肥量严重饱和的情况下，出口尿素是现今许多生产企业扭转企业效益颓势的选择。三是从业企业社会责任心的缺失，这主要反映在唯利是图和造假以次充好两方面。在农业和农民急需之时缺少有责任心的企业来关心农民和农业生产。我们认为更要值得思考的是，目前这种“分权”式化肥流通模式没有一个部门、企业来承担国内市场的调节波动所带来的风险，对于化肥这样关乎农业安全特别是粮食安全的商品来讲，必须引起国家的高度重视。虽然现在国家每年也有财政贴息的救灾储备，但这种模式是一种集约式的，没有真正像粮食储备、棉花储备那样明确部门承担职责的长效机制。
应该从“集权”和“分权”两种模式中趋利去弊，恰当选择适合今后化肥流通领域健康发展的做法，利用计划经济模式的上层监控加市场手段，即终端分散销售，会切合化肥这一特殊商品的营销。
“集权”机制附带的负面影响
这一机制制约了化肥生产企业的发展，化肥数量、质量和技术水平严重滞后，由于国家的计划指令性收购政策，导致了我国化肥企业在很长时期内不发展和发展滞后的严重现实。
化肥的市场配置不能完全按市场来调节，人为因素、特别是长官意志，成为决定因素。
由于权力的过于集中，很容易产生腐败事件，特别是进口化肥的境内外差价巨大所产生的利益诱惑。
责任不明，由于以行政手段来直接或间接插手化肥流通，产生的经济损失和社会责任一般很难有人承担。
