(1)专一性强，活性高。生物体农药中，天敌昆虫、捕食螨常为寡食性或专性寄生；昆虫病原真菌、细菌、线虫、病毒、微孢子虫等均是从感病昆虫中分离出来，经人工繁殖再作用于该种昆虫；植物体农药更是有针对性地对某一种特定功能基因进行定向重组或改造的活体植物；生物化学农药的专一性也较强，如昆虫性信息素只对同种昆虫有效。
(2)对环境安全，对哺乳动物及非靶标生物相对安全。生物农药均是天然存在的活体生物或化合物，在环境中会自然代谢，参与能量与物质循环,不易产生残留，引起生物富集现象。生物体农药均是活体生物，因其多具有很强的专一性而对哺乳动物较为安全。
(3)作用方式特异。生物体农药可通过捕食、寄生、拮抗等起到控制靶标害物的作用。信息素类生物化学农药主要通过引诱、忌避、聚集等起作用。蛋白或糖激发子等生物农药可通过诱导寄主植物产生抗性而避免或减弱有害生物的影响。植物源杀虫剂除具有与有机合成杀虫剂相同的作用方式（触杀、胃毒、熏蒸）外，还表现出拒食、抑制生长发育、忌避、忌产卵、麻醉、抑制种群形成等特异的作用方式，且往往同一种农药具有多种作用方式。
（4）作用机理不同于常规农药。传统的杀虫剂大多是神经毒剂，而生物农药，尤其是生物化学农药的作用机理较复杂。如印楝素对昆虫具有强烈的拒食、胃毒、触杀以及抑制生长发育活性，其作用机理主要是干扰昆虫的化感系统而影响其行为；扰乱昆虫内分泌系统而影响其生长发育；由综合性、系统性效应而引致昆虫周身性、系统性生理病变等。
（5）多种成分协同作用而致害虫难以产生抗药性。长期大量使用化学农药会使害虫产生抗药性。生物农药，尤其是植物源生物化学农药往往是多成分起作用，且这些次生代谢物是在植物与昆虫的协同进化中产生的，是自然界长期选择的结果，故昆虫不易对其产生抗性。
（6）开发利用途径多种多样。生物农药可通过多种途径来开发利用：天敌类动物体农药可人工繁育，也引种释放；微生物类生物农药可以发酵生产而直接利用，也可经基因重组后利用；生物化学类农药可直接利用或经人工完全合成后利用，也可采用生物工程技术定向培养，或采用基因重组转化为植物体农药。
