当前，我国已形成微生物肥料登记企业1000余家、产能1000万吨、产值近200亿的产业规模。近几年，我国微生物肥料产能以年增长10%以上的速度快速稳定发展。
微生物肥料受到欢迎，原因在于其绿色环保、提升耕地质量的重要作用。2012年12月，国务院印发《生物产业发展规划》，计划到2015年，我国生物产业形成特色鲜明的产业发展能力，到2020年，生物产业发展成为国民经济的支柱产业。
微生物农药高效且环保
2015年1月7日，农业部公布了“一控两减三基本”的整体规划，计划到2020年，肥料利用率提高到40%以上，化学农药使用量实现零增长。
微生物农药增强作物抗逆、提高施肥效率、不易产生抗性，而且对人、畜、农作物和自然环境安全，受到用户的欢迎，逐渐成为今后农药的发展方向之一。将芽胞杆菌、真菌DNA病毒等制成生物农药制剂，开发系列农用产品，对于发展现代农业非常有意义。
微生物化废为宝
我国每年的固体有机废弃物，包括畜禽粪便、餐厨剩余物、秸秆及作物加工废料等，大约有100多亿吨，被高效资源化利用的仅仅一小部分。农业部微生物产品质量监督检验测试中心副主任、华中农业大学张吉斌教授表示，固体有机废弃物在动物蛋白质营养、功能有机质肥料、生物能源的资源化利用是我国国民经济的重大需求，既保护了环境，又变废为宝，是一举两得的好事情。
农业微生物学国家重点实验室学术委员会副主任喻子牛指出，农业微生物学发展面向“两增三基本”，即增加微生物肥料、增加微生物农药的研究与应用推广，最终实现基本解决环境污染问题、基本解决肥料高效、增效，基本解决食品安全问题的目标。而这一过程中，科研院所与龙头企业要联合攻关，通力合作，共同做强、做大、做优我国农用微生物产业，进一步助推我国现代农业发展。
