经过多年发展，我国化肥产业规模持续增长，但行业发展仍面临不少问题，其中，产业集中度不高，落后产能依然较大。数据表明，目前我国合成氨企业472家，平均规模仅14万吨，小于8万吨的企业仍有249家。有磷酸装置的磷肥企业90多家（其中磷铵企业80家），80%的磷酸生产企业规模不到10万吨。取得生产许可证的复混肥生产企业4400多家，平均规模不足5万吨。具体来看，中小氮肥厂技术装备相对落后，能耗相对较高；小型磷肥厂技术水平和资源利用水平较低，废渣磷石膏无序堆放对环境影响大；复混肥企业则点多面广，使得产品质量难以保障。
针对上述问题，《化肥行业“十二五”发展规划》明确提出，到2015年，氮肥、磷肥和复混肥企业数量大幅减少，大中型氮肥企业产能比重达到80%以上。大型磷肥企业产能比重达到70%以上。2家大型钾肥企业集团规模进一步壮大。逐步形成以大型化肥企业为主导的生产经营格局，鼓励大型企业通过兼并重组、淘汰落后及建设化肥基地等方式，进一步壮大行业的经营规模和实力。
按照规划内容，行业集中度的提高有助于化肥行业健康发展，避免化肥价格大幅波动。到2015年，我国化肥企业数将大幅减少，大中型氮肥企业产能占比达到80%以上，大型磷肥企业产能占比达到70%以上。根据规划，目前已上市化肥公司在未来化肥市场的话语权会增强。
提高化肥行业集中度，需进一步加快企业的兼并重组。抓住化肥流通体制改革契机，加快促进基础肥料生产向优势企业集中，逐步形成以大型化肥企业为主导的生产经营格局。鼓励大型企业通过兼并重组、淘汰落后及建设化肥基地，进一步壮大经营规模和实力。引导大型能源企业与氮肥企业联合重组，实现优势互补，提高竞争力。
另外，在强调需进一步加快化肥企业兼并重组的同时，优化品种结构，确保和提升化肥产品质量也将成为化肥企业未来发展需多注意的重点。规划指出，“十二五”期间，化肥品种优化主要以提高肥效、提高肥料利用率、降低污染、降低农业成本为目标。主要包括进一步提升尿素、磷铵等基础肥料的质量，鼓励发展按配方施肥要求的复混肥和专用肥，重视发展中、微量元素肥料和缓控释肥料。
