生物肥料：研发模式仍较为传统
生物肥料在我国开发利用较早，其在改善作物品质、降低成本、提高产量、减少环境污染、改善土壤性质方面具有重要作用。
通过多年的研究积累，我国在固氮、分解土壤有机物质和难溶性矿物、抗病与刺激作物生长、根系共生菌等领域相继开发出微生物土壤接种剂、肥田灵复合生物肥、微生物叶面增效剂、解磷、溶磷、解钾、促生磷、联合固氮细菌等一批生物肥料产品。
我国近年生物肥料专利增加较快，个别生物肥料企业已经或即将进入其他国家市场。据统计，截至2011年8月，获得农业部正式登记的微生物肥料品种有621种，临时登记的品种有648种。现有生物肥料企业500余家，年产量450万吨、应用面积666.7万公顷、产值80亿元，在生产中发挥了较大作用。
但是由于我国人口基数大，当前农业追求单位面积产量，过度使用化肥，化肥利用率呈逐年下降趋势。其中我国氮肥平均施用量将近是美国的3倍，化肥的过度施用造成了土壤结构破坏、自然界生物多样性和生态系统稳定性降低、江河湖泊的富营养化、农产品质量下降等一系列较为严重的问题。
同时，我国生物肥料的研究开发模式仍较为传统，以大学、科研单位作为创新主体完成的技术与产品研发无法快速、有效地转化为企业的产品；我国现有的生物肥料生产企业多数规模较小，设备工艺不足，还没有成为生物肥料的创新主体。
国家虽然在生物肥料方面实行登记管理制度，但管理力度和有关政策有待完善；生物肥料的宣传、生产和销售还没有很好地结合在一起，农业经营者在生物肥料上的认识还不够，其销售比例在全国肥料中比重偏低。
生物农药：企业规模及创新力待加强
中国生物农药的研究自建国初期即开始了Bt杀虫剂的研究，经过几十年的自主原始创新和发展，已相继开发出了200多种具有自主知识产权和中国特色的生物农药产品，部分产品和技术已经通过合作等方式输出到国际市场。
其中一些产品开发已经形成了一定规模，如井冈霉素、赤霉素、阿维菌素和Bt四个品种的年产值均超亿元。我国成为井冈霉素、赤霉素、阿维菌素的最大生产国。
近几年来，我国在生物农药菌种引进、资源筛选评价、新产品开发、生产工艺、产品质量检测及工业化生产等方面都取得了一定的发展，登记的生物农药活性成分品种达到140多种，年产量12~13万吨制剂，生物农药在农药总量中占有量约为12%。每年新研制成功和登记注册的生物农药品种仍在不断递增。
但由于国家支持力度不够，生物农药产业在我国没有得到足够的重视，企业规模及创新实力亟待加强，生物农药产品本身存在一定缺陷，产品宣传推广力度不够等制约了生物农药的快速普及和全面推广。
目前，我国农药生产企业有2200多家，其中生物农药生产企业约260家，还在维持生产的仅有100家左右，年产值超亿元的仅4家上市公司。当前生物农药年产值仅为10~20亿元，平均每个等级品种的年产值仅为200多万元，而井冈霉素、阿维菌素等市场规模已占到生物农药行业的90%左右，充分说明其市场产品单一，产业化规模和研究深度不够。在生产规模、价格优势、供应量等方面均无法满足国内外市场的需求，仍需不断加强。
