目前，草甘膦面临来自市场的巨大压力，国内相关生产企业都在面临调整，我认为，企业要重点关注草甘膦产品的抗性、资源和品种这三个问题。
抗性
草甘膦由于长期使用产生抗性，为其他转基因作物用农药及一些选择性除草剂提供了机会。
抗草甘膦转基因作物已在23个国家的1.14亿公顷土地上种植。目前，已发现对草甘膦具抗性的杂草有35种。
由于抗草甘膦转基因作物的残存根茬、种子存在，会形成抗草甘膦的“自生作物”，其会严重影响产量、品质，需使用抗其他除草剂的转基因作物，如草铵膦。另外，一些抗草甘膦作物会与某些杂草杂交，产生了抗性杂草。同时，已知有脱羧酶对草甘膦有抗性，而新的草甘膦抗性机制也会不断形成。如报道一种新的细菌酶GDC-1和GDC-2，它们经代谢钝化草甘膦，此二种酶和已知的脱羧酶同源。
资源
草甘膦的主要资源为磷，这是一种非再生资源，经消耗会越来越少。磷更是一个重要战略物资。
据美国地质局统计，世界磷酸盐岩经济储量为180亿吨，基础储量为500亿吨（前者指开采成本低于35美元/吨的矿；后者为低于100美元/吨的磷矿）。全球磷灰石储量最大的五个国家依次为摩洛哥、中国、美国、南非和约旦。
考虑到磷资源的长远用途，全球主要产磷国家（美国、摩洛哥）产量多呈下降趋势，而中国则增长最为迅速。2007年，全球磷酸盐岩产量下降了400万吨，而中国却增加了460万吨。中国高品位磷资源按现在用量则只能保证未来20年使用。
为此，人们积极开发一些非磷的非选择性除草剂来替代含磷非选择性除草剂用于转基因作物上。
品种
人们在继续发展转基因作物同时，还积极开发抗其他除草剂的转基因作物。同时，开发其他非选择性除草剂用于替代草甘膦等。
已知的有抗草铵膦、草硫膦、溴苯腈等非选择性除草剂的转基因作物。其中草铵膦为至今未发生抗性的品种。
巴斯夫和陶农科公司开始进行ALS抑制剂（磺酰脲类、咪唑啉酮类、嘧啶磺胺类、嘧啶水杨酸类、三唑嘧啶类、磺酰胺羧酰、三唑酮类）的抗性作物的田间试验。其作为草甘膦的补充，或在杂草不构成严重威胁的地方使用。巴斯夫公司和巴西作物科学院宣布共同研究ALS抑制的抗性大豆和甘蔗，将在2011年上市。
抗对羟苯基丙酮酸盐双氧化酶（HPPD）抑制剂除草剂(主要抑制八氢番茄红素去饱和酶和类胡萝卜素酶)。1999年已开始田间试验。2007年11月拜耳公司与 Mertec,M.S.Tech公司共同开发。此类除草剂主要品种有磺草酮、甲基磺草酮、异噁唑酮等。
抗乙酰辅酶A羧化酶（ACC酶）和激素类除草剂。正在研究开发之中。品种有烯禾啶、吡氟禾草灵等。
抗原卟啉原氧化酶（PPO）抑制剂:此类除草剂沿用了40年，抗性杂草发展较慢，此类除草剂可进行土壤处理，是草甘膦的补充。现已研究出了抗PPO抑制剂的玉米、水稻。主要品种有乙氧氟草醚、氟磺胺草醚、丙炔氟草胺、氟烯草酸等。
P450酶抑制剂具有开发抗此类作用除草剂作物的潜力。已发现对敌草隆产生抗性的作物。还发现转450酶基因的大豆对众多除草剂表现抗性。
尤其值得关注的抗两个除草剂的转基因作物：2，4-滴、麦草畏，已开发了抗2，4-滴的作物，估计不久可上市。另抗麦草畏（土壤中易降解）的转基因大豆可耐2.8千克/公顷剂量的麦草畏。估计抗麦草畏的大豆、玉米可在2012年上市。
以上品种将对草甘膦形成相对威胁，也是发展趋势。
专家认为，农民将不会单一用草甘膦，必须使用多元化杂草防除。因此，一些公司在开发抗草甘膦的同时，也开发其他作用模式的抗除草剂作物，并使用多元化方法控制杂草。此也是今后发展方向。
