以前国内化肥行业享受优惠政策较多，主要包括电价优惠、气价优惠、铁路运价优惠、免征增值税优惠四个方面。近年来，化肥市场化改革大幅度加快，目前仅剩免征铁路建设基金一项优惠，其他政策性优惠全部取消。
去年9月份，取消了化肥税收优惠，化肥也像其他产品一样要交增值税；今年4月20日，化肥优惠电价全部取消；今年11月10日，全面放开化肥用气价格，化肥用气优惠又被取消；化肥铁路运价优惠实际上大部分也被取消，由2号运价改为4号运价，但仍保留免征铁路建设基金，这是目前唯一的化肥优惠政策。目前，铁路建设基金征收标准为每吨公里1.9分至3.3分不等，如果这一优惠政策也取消，化肥铁路运价每千公里运费增加30元/吨左右。
一个行业总是靠优惠政策无法健康发展，从这方面来说，化肥优惠政策被取消实际上是好事。正像这次国家发改委在谈到放开化肥用气价格有何积极意义时，相关负责人所说的：“化肥用气价格市场化，将进一步提高供需双方市场化意识，激发市场活力，有利于通过市场化手段推进化肥行业供给侧结构性改革。”
另外，优惠政策取消也为化肥关税下调做了铺垫。以前对化肥出口征收较高关税的一个理由就是化肥享受优惠政策，这优惠是给国内农民的，不是给国外的，不应该让国内来补贴国外。如果化肥要出口，就要将这部分优惠拿出来，所以化肥出口关税较高。现在随着化肥优惠政策基本被取消，不再存在国内补贴国外的问题了，因此，明年化肥出口关税下调是大概率事件。
