新型肥料的功效是：能够直接或间接地为作物提供必需的营养成分、调节土壤酸碱度、改良土壤结构、改善土壤理化性质和生物学性质；调节或改善作物的生长机制；改善肥料品质和性质或能提高肥料的利用率。
中国植物营养与肥料学会新型肥料委员会主任沈兵对新型肥料研发推广中存在的一些重要问题做了一系列的阐述。
缓控释肥
缓控释肥并非包打天下，它同样受到应用区域、作物、季节、施用方法等多重因素的限制，在不同地区、不同作物上，缓控释肥的效果差异较大，肥效高低在很大程度上由施用技术决定。与此同时，在缓控释肥制造环节还存在诸多亟待克服的短板。比如，对于有机包膜缓控释肥而言，作为包膜的有机材料价格昂贵，还会带来二次污染；硫包衣缓控释肥会加剧土壤酸化程度，可能不适于南方酸性土壤和菜园，在水田中还会带来硫化氢毒害；而采用无机包裹的缓控释肥，最大的难题是控制效果难以保证。此外，无论是硫包衣还是无机包裹类缓控释肥，都对氮养分含量有局限，不利于配制高浓度的掺混肥。
稳定性肥料
由于土壤环境多变，脲酶抑制剂在田间试验中未表现出稳定的增产效果。国外学者在综合了相关数据后得出结论：在那些作物产量潜力大、土壤氮的水平低、土壤和环境条件都对氨挥发有利的地区，施用含脲酶抑制剂的肥料将有最大收益。同样的，硝化抑制剂也存在类似情况。土壤肥力水平不同、作物种类各异、硝化抑制剂品种多样和土壤本身等因素，都会带来硝化抑制剂类肥料增产效果不稳定。
有机肥
大部分以畜禽粪便为主的有机肥发酵之后呈酸性，会加重土壤酸化。从畜禽粪肥中，还能检出芽孢杆菌属、大肠杆菌及十多个属的真菌与一些寄生虫等。而对于工业废弃物做成的有机肥，盐分过高同样是一个不小的问题，在有些产品中，其中的钠离子含量高达4%以上。如何让有机肥更安全、更绿色、更有机，是对生产企业的技术水平和责任意识的一次考验。
水溶肥
沈兵直言不讳地指出，盲目模仿和工艺落后是这个肥料产业的突出软肋。大部分企业是根据进口肥的配方进行模仿，极少考虑当地作物养分需求；大部分企业工艺落后，产品简单混配，易潮解或板结、染色不均、杂质高，水溶性差。而且，在被扭曲的市场竞争机制下，一些企业不是在技术革新上动脑筋，而是走起了旁门左道。诸如为了迎合和误导农民，大量使用激素类物质，这样的水溶肥施用之后前期效果明显，但后劲不足；在原料选择上，依据不是养分配比情况，而是根据价格选择原材料种类，导致有效养分浓度低，总养分浓度上不去；更有甚者，一些企业玩起了造假把戏，以硫酸镁、硫酸锌等低价肥料添加激素后冒充水溶肥，或者以硫酸镁、硫酸锌等低价肥料替代一部分高价生产原料来牟取高额利润。
新型肥料的发展趋势与农业发展趋势密切相关，随着人口的增长，人类对粮食和农产品需求量增多，只有加快新型肥料的发展速度，才能保证农业生产沿着高产、优质、低耗和高效的方向发展。
